SARS-CoV-2 and arbovirus infection: a rapid systematic review

ABSTRACT BACKGROUND: The numbers of cases of arboviral diseases have increased in tropical and subtropical regions while the coronavirus disease (COVID-19) pandemic overwhelms healthcare systems worldwide. The clinical manifestations of arboviral diseases, especially dengue fever, can be very similar to COVID-19, and misdiagnoses are still a reality. In the meantime, outcomes for patients and healthcare systems in situations of possible syndemic have not yet been clarified. OBJECTIVE: We set out to conduct a systematic review to understand and summarize the evidence relating to clinical manifestations, disease severity and prognoses among patients coinfected with severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and arboviruses. METHODS: We conducted a rapid systematic review with meta-analysis, on prospective and retrospective cohorts, case-control studies and case series of patients with confirmed diagnoses of SARS-CoV-2 and arboviral infection. We followed the Cochrane Handbook recommendations. We searched EMBASE, MEDLINE, Cochrane Library, LILACS, Scopus and Web of Science to identify published, ongoing and unpublished studies. We planned to extract data and assess the risk of bias and the certainty of evidence of the studies included, using the Quality in Prognosis Studies tool and the Grading of Recommendations Assessment. RESULTS: We were able to retrieve 2,407 citations using the search strategy, but none of the studies fulfilled the inclusion criteria. CONCLUSION: The clinical presentations, disease severity and prognoses of patients coinfected with SARS-CoV-2 and arboviruses remain unclear. Further prospective studies are necessary in order to provide useful information for clinical decision-making processes. Protocol registration number in the PROSPERO database: CRD42020183460

Factores de riesgo para mortalidad por dengue grave en pacientes pediátricos en el Hospital Mario Catarino Rivas / Risk factors for severe dengue mortality in pediatric patients at Mario Catarino Rivas

Antecedentes: El dengue es una enfermedad de presentación clínica variable, de manejo sencillo en la gran mayoría de las veces, ocasiona un enorme desafío al sistema de salud al presentarse en epidemias. Pacientes y métodos: Estudio de enfoque cuantitativo, no experimental, analítico de corte transversal, retrospectivo. Se analizaron el total de casos de dengue grave registrados en el Hospital Mario Catarino Rivas de enero a junio del año 2019 atendidos en las salas de observación, sala de dengue y UCIP (unidad de cuidados intensivos pediátricos). Se empleó muestreo por conveniencia, se registraron 5,000 casos de dengue, 287 con diagnóstico de dengue grave, constituyendo la muestra de estudio. Resultados: La edad promedio de 9.8 ± 3.4 años, El 57,5% de la muestra pertenece al género femenino, el restante 42,5% al masculino. En su totalidad el grupo estudiado presento fiebre, 70,03% dolor abdominal, 65,9% diarrea, 56,44% mialgias, 47,4% cefalea, 35,2% vómitos, 20,2% petequias y el 13,5% nauseas, entre sus complicaciones encontramos que el 94,07% presento estado de choque, 12,2% alteraciones ácido-base, y 6,6% mostro alteraciones neurológicas. Conclusiones: La principal prevención es interrumpir la cadena de transmisión, mediante el control de la infestación del vector, eliminando sus criaderos. Se requiere de educación sanitaria y reordenamiento ambiental, con participación comunitaria y multisectorial...(AU)

Caracterización general de Zika / General characterization of Zika

El Zika es un arbovirosis que causa enfer-medad febril caracterizada por fiebre, rash, artralgias y conjuntivitis no purulenta. En 2015 se registraron casos autóctonos en Brasil, en menos de un año el Zika se exten-dió a más de 30 países y territorios de Améri-ca Central, América del Sur, el Caribe y México, entre estos Honduras. Se ha rela-cionado con aumento de los casos de Gui- llain Barré y microcefalia en zonas donde produce epidemia. En Honduras, entre la semana epidemiológica 1 del 2016 a la 33 del 2017, hubo un total acumulado de 681 mujeres embarazadas con sospecha de Zika identificadas en el país, 125 de las cuales han sido confirmadas en laboratorio por reacción en cadena de polimerasa. Se reali-zó una revisión bibliográfica de 30 artículos tomando como referencia: artículos de revis-tas, normas y recomendaciones menores de 5 años de haber sido publicados o aquellos con importancia histórica, con el fin de brin-dar información útil al lector acerca del tema. Zika es una enfermedad que puede generar un impacto negativo en la salud de la niñez, dejando secuelas a largo plazo...(AU)

Dengue, chikungunya, zika y mayaro, amenazas para la salud en Honduras / Dengue, chikungunya, zika and mayaro, threats for the health of Honduras

El dengue es una enfermedad prevalente con antigüedad en Honduras, la cual dejó de ser la arbovirosis exclusiva del país con la aparición del chikungunya y del zika, debido al limitado control logrado frente al vector. Se considera asimismo la posibilidad de la introducción de nuevas enfermedades como la fiebre del mayaro. Objetivo: describir la condición actual de las arbovirosis presentes en Honduras y un posible surgimiento de la fiebre mayaro en el país. Material y Métodos: Se realizó una revisión a partir de artículos en español e inglés en las bases de datos HINARI, PUBMED y ESCOB-HOST, con los descriptores dengue, mayaro, chinkungunya, virus, zika virus y epidemiología. Conclusión: Honduras se encuentra en una frágil situación referente al desarrollo de nuevas arbovirosis y presenta factores que favorecen el surgimiento de nuevas variedades de virus entre la salud pública hondureña...(AU)

Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para a genotipagem dos vírus dengue, zika, chinkungunya e febre amarela / Development of bioinformatics tools for the genotyping of dengue, zika, chinkungunya and yellow fever virus

INTRODUÇÃO: Os Arbovírus transmitidos por mosquitos, como Dengue (DENV),Chikungunya (CHIKV), Zika (ZIKV) e Febre Amarela (YFV), são considerados importantes desafios para a saúde pública. Além do cenário causado pelo DENV, responsável por epidemias há décadas e endêmico em quase todo o país, a introdução do CHIKV e do ZIKV no Brasil traz grande preocupação. Os Arbovírus são transmitidos por mosquitos do gênero Aedes,particularmente Ae. aegypti e suas doenças relacionadas resultam em aumento dos custos financeiros associados ao diagnóstico e ao tratamento. MATERIAIS E MÉTODOS: Para facilitar o diagnóstico e o desenvolvimento de estratégias de prevenção e tratamento de forma eficiente, foram desenvolvidas ferramentas de bioinformática capazes de genotipar esses vírus baseando-se em modelos evolutivos apropriados de forma automática, precisa e rápida. Nesta plataforma, sequências destes arbovírus são selecionadas no Genbank por meio de um Sistema Configurável Automático de Mineração (SCAM), para obter um conjunto eficiente de sequências referências que foram utilizadas no desenvolvimento das ferramentas.RESULTADOS: Este processo envolveu o alinhamento das sequências referências seguidas por reconstruções de árvores filogenéticas. Para atribuir os genótipos às sequências dos usuários, a ferramenta analisa as sequências uma a uma, através da identificação pelo programa BLAST, seguido pelo alinhamento com o programa ClustalW e posteriormente com a reconstrução filogenética utilizando o programa PAUP*. A classificação genotípica ocorre quando as sequencias do usuário se agrupam filogeneticamente com o bootstrap igual ou superior a 70%. CONCLUSÃO: Essas novas ferramentas de genotipagem automáticas fornecem uma classificação precisa para esses arbovírus mesmo quando as sequências do usuário são oriundas de tecnologias de última geração (NGS), lendo, portanto, fragmentos curtos.

INTRODUCION: Mosquito-borne Arboviruses such as Dengue (DENV), Chikungunya (CHIKV), Zika (ZIKV) and Yellow Fever (YFV) are considered major public health challenges. In addition to the scenario caused by DENV, which has been responsible for epidemics for decades and endemic throughout most of the country, the introduction of CHIKV and ZIKV in Brazil is a major concern. Arboviruses are transmitted by mosquitoes of the genus Aedes, particularly Ae. Aegypti and its related diseases result in increased financial costs associated with diagnosis and treatment. MATERIAL AND METHODS: To facilitate the diagnosis, prevention and treatment strategies efficiently, bioinformatics tools have been developed for the genotyping of these viruses based on appropriate evolutionary models in na automatically, accurately and rapidly manner. In this platform, sequences of these arboviruses are selected in Genbank by means of an Automatic Mining Configurable System (SCAM), to obtain an efficient set of reference sequences that were used in the development of the tools. RESULT: This process involved the alignment of the reference sequences followed by phylogenetic tree reconstructions. To assign the genotypes to the user sequences, the tool analyzes the sequences one by one, through identification by the BLAST program, followed by the alignment with the ClustalW program and later with the phylogenetic reconstruction using the PAUP* program. The genotypic classification occurs when the user sequences are grouped phylogenetically with the bootstrap equal to or greater than 70%. CONCLUSION: These new automatic genotyping tools provide an accurate classification for these arboviruses even when the user sequences are derived from next-generation technologies (NGS), thus reading short fragments.

Caracterización clínica y epidemiológica de chikungunya en niños / Clinical and epidemiological characterization of Chikungunya in children

Antecedentes y objetivos: La fiebre Chikun- gunya (CHIKF) es una enfermedad de infección viral causada por un arbovirus (CHIKV), transmi- tida a los humanos a través de la picadura del mosquito de género Aedes. El objetivo del estudio fué caracterizar clínica y epidemiológi- camente los pacientes que presentaron dicha enfermedad. Pacientes y Métodos: Se realizó un estudio descriptivo transversal en el área de emergencia pediátrica del Hospital Regional del Norte - Instituto Hondureño de Seguridad Social (HRN-IHSS). Los datos se obtuvieron de las fichas epidemiológicas de los casos sospe- chosos de CHIKF que asistieron a la emergencia de pediatría entre los meses de enero y marzo del 2015. Se estudiaron 48 pacientes que cum- plieron con los criterios de inclusión. Resulta- dos: El 52% de los pacientes ingresados prove- nían del casco urbano de San Pedro Sula (SPS). El 63% de los casos asistieron al hospital cuando presentaban de 1 a 2 días de evolución. El síntoma que se presentó con mayor frecuen- cia fue la fiebre (96%), seguido de rash (71%), la artritis y artralgias se presentaron en el 58% de los casos. En el 75% de los casos había fami- liares con síntomas similares. Conclusiones: Los lactantes menores y los escolares del sexo masculino fueron los más afectados, y no hubo antecedente de haber realizado viajes previos...(AU)

Fiebre Chikungunya / Chikungunya fever

Antecedentes: La fiebre Chikungunya es causada por un alfavirus (CHIKV) ARN pertene- ciente a la familia Togaviridae. Fue descrito en 1953, a partir de entonces se han presentado epidemias desde África, Asia y últimamente casos en las Antillas en América. Ante el riesgo de importación y transmisión del virus, esta entidad ha adquirido importancia, antes poco conocida en nuestro continente. La presente revisión bibliográfica tiene como objetivo la actualización de conocimientos acerca de la fiebre Chikungunya. El CHIKV es transmitido por dos vectores, Aedes aegypti y albopictus, los humanos son el reservorio principal en los periodos epidémicos. Después de 3 a 7 días de incubación, aparece la fiebre, artralgias, cefalea. Laboratorialmente, se observa trombocitope- nia leve, leucopenia con linfopenia. Los indivi- duos no infectados previamente están en riesgo de adquirir la infección y desarrollar la enfermedad, siendo los neonatos y los ancianos más propensos a desarrollar formas más graves. La transmisión de madre a hijo es frecuente en la viremia materna intraparto, y conduce a la infección. La mortalidad es baja, pero la artral- gia inflamatoria con artropatía/artritis destruc- tiva puede comprometer la calidad de vida del paciente afectado. Dada la introducción del CHIKV en la Región, la detección oportuna, una respuesta apropiada y rápida, son necesarias para minimizar el riesgo de importación y transmisión del CHIKV...(AU)